WOORDENLIJST

​

Allel een allel is een variant van een bepaald gen.

AVK afkorting voor de ahnenverlustkoeffizient, de coëfficiënt van het werkelijke aantal voorouders

gedeeld door het aantal mogelijke voorouders (62 in een 5 generatie stamboom, 2046 in een 10 generatiestamboom etc.). Een hogere AVK geeft dus minder voorouderverlies aan en daarmee minder inteelt (in de generaties waarover deze bepaald is).

Backcross is een combinatie die bestaat uit een kruising geproduceerd door twee lijnen of rassen die teruggefokt wordt op een van de fundatie lijnen of rassen

%BLOED of %Blood (Engels)

Een manier om de genetische bijdrage van een individuele hond aan de genen van het focus-dier weer te geven. Het gebruikt de informatie hoe elke hond verbonden is met andere dieren, alswel hoe ver terug in de stamboom en hoe vaak.

Bottleneck een periode waarin het aantal ouderdieren dat werd gebruikt in de fok bijzonder klein was. In zo’n periode is de genetische drift groot door de sterk gereduceerde effectieve populatiegrootte.

Chromosomen De meeste cellen van een hond bevatten 3 miljard nucleotideparen – 6 miljard nucleotiden in totaal. Dat is een zeer lange streng DNA! Om het geheel ordelijk te houden en ervoor te zorgen dat het celdelingsproces met minimale fouten verloopt, is het DNA georganiseerd in een aantal draadachtige “pakketjes”. Deze pakketten worden chromosomen genoemd.

Het genoom van een hond bevat 39 paar chromosomen (78 chromosomen in totaal). Er zijn twee soorten chromosomen bij de hond, allosomen, ook wel geslachtschromosomen of X- en Y-chromosomen genoemd, die verbonden zijn met het biologische geslacht van het individu, en autosomen (lichaamschromosomen), die dat niet zijn.

Clusteranalyse statistische methode die populaties indeelt in groepen gebaseerd op hun gelijkenissen en verschillen tussen individuen op basis van een groot aantal SNP’s

Co-dominantie is een situatie waarin een heterozygoot het fenotype-effect van beide allelen in gelijke mate toont.

Crossbreeding het paren van dieren van verschillende lijnen of rassen

DNA is een acroniem voor desoxyribonucleïnezuur: een stof die in bijna alle organismen voorkomt en die een “handleiding” vormt voor alle cellen in het lichaam over hoe dat organisme te vormen. Deze stof wordt overgenomen van de ouderdieren.

>Autosomaal DNA is het DNA dat in de autosomen wordt gevonden.

> Y-DNA is het DNA dat alleen op het Y-chromosoom wordt gevonden en dat alleen bij reuen voorkomt. De allosomen van teefjes bestaan uit twee X-chromosomen, terwijl die van reuen uit één X- en één Y-chromosoom bestaan. Het onderzoeken van het Y-DNA kan ons unieke informatie geven over de vaderlijn van een reu.

>mtDNA staat voor mitochondriaal DNA: DNA dat zich in een deel van de cel bevindt dat de mitochondrion wordt genoemd. Het grootste deel van ons DNA bevindt zich in de kern, of het centrum, van een cel, maar er is een bepaalde hoeveelheid die in het mitochondrium kan worden gevonden. Mitochondriën worden bijna uitsluitend doorgegeven van moeder op kind, dus het onderzoeken van uw mitochondriaal DNA geeft informatie over de moederlijn.

​

Dominantie is het verschijnsel dat van een erfelijke eigenschap die in meer vormen kan voorkomen, één vorm overheersend over het andere allel (allelen) overerft.

EBV is een acroniem voor Estimated Breeding Value (Geschatte fokwaarde)

Effectieve populatie grootte (Ne) is de grootte van een ideale populatie dieren met een zelfde mate van inteelt of verlies van genetische diversiteit door genetische drift als de echte populatie waarin we geïnteresseerd zijn. Ofwel, een populatie van 100 individuen kan flink last hebben van inteelt omdat er maar twee mannetjes aanwezig zijn. De effectieve populatiegrootte is dan bijvoorbeeld maar een fractie van de werkelijke 100, n.l. 7,84 Ne= 4 x (Nm x Nf) / Nm + Nf

Inteelt is het fokken met twee verwante dieren.

​

Inteeltcoëfficiënt (afgekort IC of in het Engels COI) De inteeltcoëfficiënt is de kans dat de beide genen van een willekeurig genenpaar identiek zijn door afstamming van een gemeenschappelijke voorouder. Daarnaast geeft het de mate van homozygotie weer in een individu.

​

Fenotypes zijn alle waarneembare kenmerken van een organisme

​

Fokwaarde is de gemiddelde genetische waarde van een individu als ouder, voor een enkele eigenschap of een combinatie van eigenschappen en is gelinkt aan de som van de additieve effecten van de allelen die door het individu gedragen worden.

Founders De onderling onverwante dieren die aan de basis staan van een ras.

Gen Een gen is een eenheid van overerving in het DNA

​

Genenpoel een genenpool of genetisch reservoir. De variatie aan genen binnen een populatie.

​

Generatie interval geeft de leeftijd van de ouderdieren weer waarop hun nakomelingen zijn geboren die een bijdrage leveren aan de volgende generatie .

​

Genetische diversiteit is het bestaan van verschillen (variatie) in het genetisch materiaal tussen individuen, rassen en soorten.

​

Genetische drift is een willekeurige variatie in allel frequenties van de ene op de andere generatie die voorkomt in populaties. Genetische drift is datgene wat er voor zorgt dat groepen dieren die gescheiden zijn van de belangrijkste populatie door de jaren heen genetisch van elkaar afdrijven. Drift kan resulteren in verlies van allelen, enkel door kans, of het kan “fixatie” van een allel teweeg brengen, waarbij elk lid van de populatie homozygoot is voor dat allel.

​

Genetische mutatie is een wijziging in de DNA-sequentie die optreedt tijdens het proces van DNA-replicatie: wanneer het DNA zichzelf kopieert om een enkele cel in tweeën te veranderen. Mutaties kunnen een “toevalstreffer” zijn die optreedt in een bepaalde groep cellen binnen een enkel individu, of een permanente verandering die wordt doorgegeven aan de volgende generatie via de voortplantingscellen van dat individu (sperma of eicellen).

Soms leiden deze erfelijke variaties tot veranderingen in waarneembare kenmerken, zoals de kleur van het oog of het haar, maar meestal is dat niet het geval. Het is echter door het analyseren van deze variaties, zelfs de variaties die geen waarneembare veranderingen veroorzaken, dat wetenschappers dingen kunnen bepalen, zoals gevoeligheid voor ziekten, of uit welke rassen een kruising bestaat.

​

Genetische markers Een genetische marker is een gen of sequentie van DNA dat een bekende locatie heeft op een chromosoom en kan worden gebruikt om individuen of soorten te identificeren.

​

Genoom is al het DNA in de cel nucleus, oftewel het geheel der chromosomen

​

Genotype is het paar allelen van een organisme welke op een locus ligt. Soms ook weergegeven als de genetische samenstelling van een organisme: het geheel van de erfelijk bepaalde en bij vererving doorgegeven eigenschappen

​

Haplogroep is een genetische sequentie die wordt gevonden in meerdere individuen die een enkele gemeenschappelijke voorouder hebben. Meer specifiek is het een groep haplotypes, die groepen van allelen zijn die geërfd zijn van een enkele ouder. Haplogroepen zijn het meest relevant bij het bespreken van Y-DNA en mtDNA, omdat deze secties van het DNA alleen van de vader of de moeder worden geërfd en nooit vermengen, dus variaties die binnen deze secties worden geërfd blijven over het algemeen intact.

​

Haploïden zijn cellen die uit een enkele chromosoomset bestaan

​

Haplotype is een combinatie van allelen zoals die voorkomen op een uniek chromosoom

Haplotype-blok is een blok van aangrenzende loci in erg hoge linkage disequilibrium.

Heterosis of hybride groeikracht (hybrid vigor) is het effect dat de nakomelingen het gemiddelde van een of meer eigenschappen van de beide ouders overtreft.

Heterozygoot is als een individu twee verschillende allelen op een locus draagt. Heterozygotie is de fractie van de populatie of het genoom dat heterozygoot is.

Kinship verwantschap

Kinship coefficient  is een manier om de verwantschap te bepalen tussen twee individuen door de waarschijnlijkheid  te berekenen dat een paar allelen identiek zijn door afstamming. Of anders gezegd, het is de waarschijnlijkheid dat een random geselecteerd allel van een individu en een allel op dezelfde locus bij een ander individu gelijk zijn en afkomstig van dezelfde voorouder. Deze is gelijk aan wat de COI van een fictieve nakomeling van deze twee individuen zou zijn. 

​

Kunstmatige selectie is de selectie van dieren die een volgende generatie voortbrengen die gemaakt wordt door de mens.

Lijnteelt is de paring van twee geselecteerde individuen uit opeenvolgende generaties om dieren te produceren met een hoge verwantschap aan één of meer geselecteerde voorouders. Het is een vorm van inteelt.

Linkage is het fenomeen waarbij allelen op loci die dicht bij elkaar op een chromosoom liggen en die gezamenlijk zijn geërfd van één ouder van een individu, de neiging hebben om gezamenlijk overgeërfd te worden naar de volgende generatie. Hoe dichterbij elkaar de loci op een chromosoom liggen, hoe sterker het fenomeen is. Als de loci op een verschillend chromosoom liggen is deze neiging compleet afwezig.

Linkage disequilibrium een niet willekeurige associatie van allelen in haplotypes. In de loop der tijd zorgt recombinatie tussen loci dat deze associatie verdwijnt.

Locus (mv. loci) een plek op een chromosoom

Marker een locus welke gebruikt wordt als referentie punt in het genoom

Mean kinship Een maat voor de genetische belangrijkheid van een dier, berekend door de verwantschap van het focus-dier met de gehele huidige populatie (inclusief zichzelf).

Missende erfelijkheidsgraad (missing heritability) is het fenomeen dat genoomwijd significante SNP’s vaak slechts een klein gedeelte van de genetische variatie verklaren

Natuurlijke selectie is het verschijnsel dat sommige individuen uit een bepaalde populatie beter in hun omgeving passen, dus meer kans hebben om te zorgen voor overlevende nakomelingen dan minder goed aangepaste organismen. De best aangepaste individuen zullen steeds meer de overhand krijgen binnen de populatie

Neutrale loci zijn loci die niet direct veranderen als reactie op selectie. Ze kunnen echter wel beïnvloed worden door selectie op nabij gelegen (gelinkte) loci. 

Nucleotiden zijn de bouwstenen van het DNA. Elke nucleotide bestaat uit een base, een suikermolecuul en een fosforzuurmolecuul. Er zijn vier chemische stoffen die basen vormen: adenine (A), thymine (T), guanine (G) en cytosine (C). De basen paren met elkaar – A met T en G met C – om een DNA-streng te vormen.

​

Overdominantie het verschijnsel dat een bepaalde erfelijke eigenschap bij heterozygote nakomelingen sterker tot uiting komt dan bij homozygote.

Polymorfisme is een veranderde nucleotidencode voor een bepaald gen die bij een dusdanig groot percentage van de populatie voorkomt dat meestal niet meer van een mutatie gesproken wordt. Volgens de definitie komen polymorfiën bij meer dan 1% van de populatie voor. Tegenwoordig wordt deze definitie niet meer gebruikt en de database "dbSNP" omvat ook vele SNP's met een frequentie van minder dan 1%. In geval van meer zeldzame genveranderingen (voorkomen minder dan 1%) wordt van mutaties gesproken.

Ras is een populatie van (verwante) dieren die in uiterlijke kenmerken op elkaar lijken en deze uiterlijke kenmerken ook doorgeven aan hun nakomelingen.

Recessief allel is een allel welke het fenotype alleen maar beïnvloed als het homozygoot is.

Recombinatie het ontstaan van nieuwe combinaties van allelen/genen. Recombinatie kan het gevolg zijn van de toevalsverdeling van beide homologe chromosomen bij de meiose over de haploïde cellen. Recombinatie kan ook het gevolg zijn van crossing-over. De waarschijnlijkheid van een cross-over hangt af van de lengte van het haplotype.

RNA is Ribonucleïnezuur, lijkt op DNA, maar er zijn verschillen. Ten eerste bevatten de nucleotiden in RNA een ribose-suikergroep, in tegenstelling tot de deoxyribose-suikergroep in DNA. Daarnaast bevat RNA wel de nucleotiden A, C en G, maar geen thymine. In plaats daarvan vind je in RNA uracil (U). Verder is RNA meestal enkelstrengs, in tegenstelling tot DNA, dat dubbelstrengs is. Tot slot bevat een cel een vaste hoeveelheid DNA (de chromosomen), maar wordt er doorlopend nieuw RNA gemaakt en weer afgebroken.

​

Runs of homozygosity (ROH’s) zijn blokken van homozygote markers

Selectie-intensiteit de superioriteit van dieren die geselecteerd worden om ouder te worden ten opzichte van het gemiddelde van de populatie, getoond als standaard deviatie van de selectie criteria. Hoe kleiner het aandeel van de beste dieren die geselecteerd worden, hoe hoger de selectie-intensiteit.

SNP (uitgesproken als snip) is a Single Nucleotide Polymorphism veroorzaakt door een mutatie op een enkele nucleotide.

Verwantschapscoëfficiënt (Engels: COR, coefficient of relatedness) De verwantschapscoëfficiënt tussen twee dieren geeft aan in hoeverre deze twee dieren genetisch op elkaar lijken.  De verwantschapscoëfficiënt tussen twee dieren hangt af van het aandeel van de genen dat deze dieren gemeenschappelijk hebben. De COR is 2x de waarde voor kinship